ここ10年ほどで世界各国、日本国内の大学や医療機関で脳と腸の関係の研究が進み
腸内細菌相と脳、こころの関係、免疫力の関係についての研究成果が多数発表されている。
腸内には善玉菌と悪玉菌、日和見菌がいる。
中でも善玉菌は体に良い影響を与え、悪玉菌は悪い影響を与える。
普通の人の場合、善玉菌が２割、日和見菌が6割、２割と言われる。
善玉菌や日和見菌には以下の作用があるといわれている。
フラジリス菌：脳に作用する物質を生成してストレスを軽減する働きがある。
（近年は市販の乳酸菌飲料で緊張やストレス緩和、脳機能の回復をうたう商品も販売されている
ビフィズス菌：腸の調子を整えるほか脳にも影響している模様。
エクオール産生菌：女性ホルモンと似た働きをするエクオールを生産する菌で更年期障害に関係
ダイエットに有効な菌：腸管内で短鎖脂肪酸、脂肪を阻害し、燃焼させる働きがあるとされる。
（最近CMなどで時々目にする乳酸菌飲料がある）
腸内細菌の状態が悪いと免疫力の低下にも関係すると言われているため、
善玉菌が少なく悪玉菌が多いと感染症や癌などにもなりやすいと言われている
腸内フローラのパターンは分娩時に母親からもらい受ける菌をベースに、
母乳や幼少期の食事などが影響して、3歳ごろまでに決まるといわれている。
乳酸菌飲料や納豆や漬物などの発酵食品、食物繊維、オリゴ糖の摂取、善玉菌サプリメントの摂取などで、
善玉菌の割合と腸内細菌の「種類」を増やす菌の多様性が重要だと最近の研究でわかってきた。
尚、最近の研究でうつ病や不安障害などの患者では腸内細菌での善玉菌の種類が少ないことが指摘されている。
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