2020年12月11日
俳優の錬金術Alchemy of Actor 量子生物学Quantum biology 21
俳優の錬金術Alchemy of Actor 量子生物学Quantum biology 21
『光というのも面白い存在で、私たちが見ているものは、結局は光だ。
その物自体を見ているようで、本当のところは、物が反射する光を見ている。』
(文系でもよくわかる 世界の仕組みを物理学で知る「はじめに」 より )
視覚(visual perception)とは
網膜/retinal,vitamin Aアルデヒド(aldehyde,有機化合物) が受けた光子photonの
電気信号electrical signalへの生物学的変換biological conversion
発色団レチナール
ロドプシン中でレチナールは その11-シス型が
オプシンのヘリックス7 (H7)に位置するN末端から296番目の
リジンLys/K残基lysine residue とシッフ塩基schiff base結合を介して結合している。
分子内でレチナールが共有結合しているのは
いつでも光受容出来るように発色団をタンパク質内に留めておく働きがある。
シッフ塩基を介したこの共有結合は可視光受容をするためにも重要な役割を果たしている.
基 group:有機化合物の性質を特徴づける原子の集団(原子団)を意味す
置換基 substituent group: 化合物の系統や命名の際の部分構造
母体(共通する構造)化合物と相異なる部分 母体 対で使用される。
特性基characteristic group:化合物を形式的に特徴づけるもの
化合物の命名法や化学反応機構を説明するために用いられる
官能基 functional group: 物質の化学的属性chemical profile や化学反応性chemical reactivity
に着目した概念で分類される
残基residue :化合物の構造に着目した用語 生成する化合物の基本構造以外の部分構造
残基という用語は単独で使用されることは少なく、
高分子化合物polymer molecule のように化学結合により単量体が連結している場合、
置換基の呼称の後に「〜残基」と加えることで部分構造を示す
酸acidと塩基base:化学反応chemical reactionにおける性質
酸:電子対electron pairの受容体 receptor
塩基:電子対の供与体donor
シッフ塩基schiff base : 有機化合物 の分類のひとつで
窒素原子N.nitrogen に炭化水素基(アリール基やアルキル基など)が結合したイミンimine
アミノ基(-NH2) アルデヒド基(R'-CHO) ケト基(R'-CO-R'')とが縮合
R-N=CHR' R-N=CR'R''構造
反応性が高く生合成経路にも見られるほか、化学修飾などにも使われる。
イミン(imine) : 有機化合物 構造式 R'-C(=NR'')-R 炭素-窒素二重結合を持つ。
カルボニル化合物の酸素原子が =NR'' 基によって置き換えられたもの。
窒素上に孤立電子対を持つことから
配位子ligand ルイス塩基lewis base (電子対を与える物質) としてはたらき、
その際特に窒素上が炭化水素基のイミンがシッフ塩基 (Schiff base)
カルボニル化合物とは異なり、イミンにはシス-トランスの立体異性体が存在する。
窒素上の置換基が水素である場合はその異性化は速く分離が困難であるが、
置換基の種類によっては安定な異性体を単離できる場合もある
電子配置Electron configuration: 原子や分子の電子が軌道に複数 詰まった状態electronic structure として
その配置を表す 其れにより各元素固有の性質が決定される
電子対: 電子はフェルミ粒子fermion なので
1つの軌道に 逆向きスピンをもつ2個の電子しか入ることができない
(パウリの排他原理 Pauli exclusion principle)によって占有され安定状態
不対電子unpaired electorn: 対にならずに単独で存在する電子
共有電子対shared electron pair : 各原子が不対電子を1個ずつ出し合って
共有結合covalent bondする
非共有電子対/孤立電子対lp lone pair : 1つの原子が持つ電子のみで形成され
共有結合 に関与していない電子対
重合:小さい分子が互いに多数結合して 高分子(巨大な分子)となること
モノマーmonomer(単量体):出発物の小さい分子を
ポリマーpolymer(重合体) :重合の結果生成する高分子
二量体dimer:モノマー二つの重合体
三量体trimer:モノマー三つの重合体
高重合体: 構造単位のくり返しの数が多く 分子量が大きいとき
と たのしい演劇の日々
『光というのも面白い存在で、私たちが見ているものは、結局は光だ。
その物自体を見ているようで、本当のところは、物が反射する光を見ている。』
(文系でもよくわかる 世界の仕組みを物理学で知る「はじめに」 より )
視覚(visual perception)とは
網膜/retinal,vitamin Aアルデヒド(aldehyde,有機化合物) が受けた光子photonの
電気信号electrical signalへの生物学的変換biological conversion
発色団レチナール
ロドプシン中でレチナールは その11-シス型が
オプシンのヘリックス7 (H7)に位置するN末端から296番目の
リジンLys/K残基lysine residue とシッフ塩基schiff base結合を介して結合している。
分子内でレチナールが共有結合しているのは
いつでも光受容出来るように発色団をタンパク質内に留めておく働きがある。
シッフ塩基を介したこの共有結合は可視光受容をするためにも重要な役割を果たしている.
基 group:有機化合物の性質を特徴づける原子の集団(原子団)を意味す
置換基 substituent group: 化合物の系統や命名の際の部分構造
母体(共通する構造)化合物と相異なる部分 母体 対で使用される。
特性基characteristic group:化合物を形式的に特徴づけるもの
化合物の命名法や化学反応機構を説明するために用いられる
官能基 functional group: 物質の化学的属性chemical profile や化学反応性chemical reactivity
に着目した概念で分類される
残基residue :化合物の構造に着目した用語 生成する化合物の基本構造以外の部分構造
残基という用語は単独で使用されることは少なく、
高分子化合物polymer molecule のように化学結合により単量体が連結している場合、
置換基の呼称の後に「〜残基」と加えることで部分構造を示す
酸acidと塩基base:化学反応chemical reactionにおける性質
酸:電子対electron pairの受容体 receptor
塩基:電子対の供与体donor
シッフ塩基schiff base : 有機化合物 の分類のひとつで
窒素原子N.nitrogen に炭化水素基(アリール基やアルキル基など)が結合したイミンimine
アミノ基(-NH2) アルデヒド基(R'-CHO) ケト基(R'-CO-R'')とが縮合
R-N=CHR' R-N=CR'R''構造
反応性が高く生合成経路にも見られるほか、化学修飾などにも使われる。
イミン(imine) : 有機化合物 構造式 R'-C(=NR'')-R 炭素-窒素二重結合を持つ。
カルボニル化合物の酸素原子が =NR'' 基によって置き換えられたもの。
窒素上に孤立電子対を持つことから
配位子ligand ルイス塩基lewis base (電子対を与える物質) としてはたらき、
その際特に窒素上が炭化水素基のイミンがシッフ塩基 (Schiff base)
カルボニル化合物とは異なり、イミンにはシス-トランスの立体異性体が存在する。
窒素上の置換基が水素である場合はその異性化は速く分離が困難であるが、
置換基の種類によっては安定な異性体を単離できる場合もある
電子配置Electron configuration: 原子や分子の電子が軌道に複数 詰まった状態electronic structure として
その配置を表す 其れにより各元素固有の性質が決定される
電子対: 電子はフェルミ粒子fermion なので
1つの軌道に 逆向きスピンをもつ2個の電子しか入ることができない
(パウリの排他原理 Pauli exclusion principle)によって占有され安定状態
不対電子unpaired electorn: 対にならずに単独で存在する電子
共有電子対shared electron pair : 各原子が不対電子を1個ずつ出し合って
共有結合covalent bondする
非共有電子対/孤立電子対lp lone pair : 1つの原子が持つ電子のみで形成され
共有結合 に関与していない電子対
重合:小さい分子が互いに多数結合して 高分子(巨大な分子)となること
モノマーmonomer(単量体):出発物の小さい分子を
ポリマーpolymer(重合体) :重合の結果生成する高分子
二量体dimer:モノマー二つの重合体
三量体trimer:モノマー三つの重合体
高重合体: 構造単位のくり返しの数が多く 分子量が大きいとき
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