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自治体が緊急事態宣言を継続するか、休業などの要請をするのか判断するのだから、そのための負担は自治体にとって必要な負担であり、厚生労働省が何か配慮する必要などない。
そもそも自治体が数字を把握できないのは厚生労働省が悪いのか？
明らかにしないとこの話は訳が分からない。
あくまで各自治体が決める話のなかで、国はそれらの数字を吸い上げるだけでいいはずだからだ。
あれこれ自治体に指示する必要があるのか？
どうも厚生労働省が自治体の足を引っ張っているとしか思えないのだが。

NHKNEWSWEBより、
ＰＣＲ検査の「陽性率」正確な把握へ集計方法など検討 厚労省
2020年5月6日 18時50分
https://www3.nhk.or.jp/news/html/20200506/k10012419541000.html?utm_int=news_contents_news-main_005
記事より、
新型コロナウイルスに感染しているか確認するＰＣＲ検査で、陽性だった人の割合「陽性率」を正確に把握できていないことから、厚生労働省は集計方法などを検討する方針

「陽性率」は緊急事態宣言の解除を判断する指標の一つ

厚生労働省は全国の都道府県などから報告される検査人数や陽性者数、その割合について公表しています。それによりますと、ことし１月15日から今月３日までの累計で全国で検査を受けた人は15万3581人、このうち陽性だった人の数は１万4895人で、必要な修正を加え算出した割合は9.5％

ところが検査人数は検査をした日、陽性者数は陽性と報告された日の集計で、数日のずれが生じることなどから１日ごとの正確な数値は示していません。また、検査人数も実態を正確には反映しておらず、このうち東京都の検査人数には医療機関で行った検査の一部が含まれていません。

厚生労働省によりますと退院などの際に同じ人が複数回検査を受けることもあるため、検査件数とは別に検査人数を毎日把握することは、対応に追われている自治体にとって負担になるという

厚生労働省は現在公表している割合について、正確な「陽性率」ではないとしていますが、「陽性率」は緊急事態宣言の解除を判断する指標の一つとされることから、今後、集計方法などを検討する方針

そもそも自治体がすることとしか考えられない。
東京都のような特殊例は東京都が対応すればいいだけだ。
全国の合計はあくまで参考値でしかないとすればいいだろう。
むしろ各自治体は自粛などの解除のために自らデータを集めて分析をすることが必要。