Windows共有先(IPアドレス指定)をTimeMachine用のディスクとして指定後、
Windows共有先をIPアドレスからhostnameに変更すると、IPアドレスで警告がでるようになりました。

TimeMachineに登録したWindowsマシンの共有先をどこでキャッシュしているのか？

ひょっとして、defaultsコマンドで対象外のplistがあるかも？ということで、すべてのplistを検索してみます。

$ man -k plist
PlistBuddy(8)            - read and write values to plists
com.apple.Boot.plist(5)  - Configuration plist for Mac OS X booter
getgrouplist(3)          - calculate group access list
httpcfg(1)               - Mono Certificate Management for HttpListener
launchd.plist(5)         - System wide and per-user daemon/agent configuration files
plist(5)                 - property list format
skiplist(n), struct::skiplist(n) - Create and manipulate skiplists
swaplist(n)              - A dialog which allows a user to move options between two lists
xpcservice.plist(5)      - XPC Service configuration keys and values