式内社であり、延喜式神名帳の飛騨国内八社の一つである。旧社格は郷社。本殿は国の重要文化財に指定されている。同じく本殿が2016年に日本遺産「飛騨匠の技・こころ / 国府盆地の中世社寺建築群」の一つとして認定された。
概要
創建時期は不明である。日本三代実録によると貞観9年（867年）に従五位上を授けられており、古くから位の高い神社であったことが確認できる。江戸時代には権現宮と称されていた。文化年間の調査で、式内社の荒城神社とされたが、再調査の末、式内社の阿多由太神社であることが判明する。そのころ、権現宮から阿多由太神社に改称する。
文化財
重要文化財（国指定）
本殿 - 室町時代後期の建立。三間社流見世棚造（さんげんしゃながれみせだなづくり）、柿葺。1961年（昭和36年）に指定された。
岐阜県指定文化財
木造随身（一対） - 平安時代の作とされる木造の神像。
高山市指定文化財
阿多由太神社稲荷社殿 - 嘉永年代の作とされる。
祭神
主神
大歳御祖神
大物主神
配祀
家津御子神
早玉之男神
熊野久須美命
阿須波之神
合祀
大己貴命
崇徳天皇
交通
高山本線飛騨国府駅より徒歩25分。
所在地 岐阜県高山市国府町木曽垣内1023
位置 北緯36度13分15.20秒 東経137度13分3.23秒
主祭神 大歳御祖神
社格等 式内社 旧郷社
