歴史
開山・中近世
俣野（現在の藤沢市西俣野、横浜市戸塚区俣野町、東俣野町）の領主だった俣野氏の一族である俣野五郎景平が開基。景平の弟である遊行上人第四代呑海は、三代智得の死後にその跡を継いで時宗総本山であった当麻道場（無量光寺）に入山しようとするが、呑海が遊行を続けている間に北条高時の命令により当麻にいた真光が止住するようになっていたため、正中2年（1325年）に俣野領内の藤沢にあったという廃寺極楽寺を清浄光院として再興したのが開山と言われる。当時は現在より400m（メートル）ほど北の、光徳と呼ばれる場所にあった。以後、この寺を藤沢道場と呼びここに独住するようになった遊行上人を藤沢上人と称するようになる。伝承では、現在の西俣野の北部の道場ヶ原にも呑海上人の関係する寺があったと言伝えられている（古遊行寺）。その後、伝承によると領地六万貫を足利尊氏より寄進されたとされている。藤沢四郎太郎によるという説もある。次第に当麻道場をしのぐ影響力を持つようになり、藤沢は門前町として発展するようになった。
延文元年（1356年）八代渡船が梵鐘を鋳造した。梵鐘には「清浄光院」と陽刻がされていてこの時までは清浄光院と名乗っていたことが分かる。その後に清浄光寺と改称。応永年間に2度焼失し、より広い堂宇が再興された。
永享7年（1435年）足利持氏、仏殿120坪を寄進。
焼失による休止期
永正10年（1513年）伊勢宗瑞（北条早雲）と三浦道寸、太田資康との戦いにより全山焼失。清浄光寺は三浦道寸と通じていたために、後北条氏と敵対関係に陥った。そのため後北条氏の玉縄城主に旧領の返還を求めたが、復興が許されなかった。
永正10年（1513年）1月29日本尊の阿弥陀仏は駿河国府中の長善寺に移されたが、永正17年（1520年）に二十四代遊行上人他阿不外によって甲斐国の一蓮寺（現在は甲府市太田町に所在するが、旧地は甲府市丸の内の一条小山に所在）に置かれた。
その後、二十五代遊行上人他阿仏天が一連寺から敦賀井川の新善光寺に本尊を移す。
元亀2年（1571年）には甲斐国の武田信玄から藤沢200貫、俣野の内100貫の土地が寄進されたが、後北条氏攻略が失敗したため実現しなかった。
再興
三十二世遊行上人他阿普光は、天正19年（1591年）に常陸国の佐竹義宣に招かれ、水戸に水戸藤沢道場（後の神応寺）を建立し、時宗の本拠とする。
普光は甲府一蓮寺の天順を清浄光寺貫首とし、天順は慶長12年（1607年）に清浄光寺を再興させた。これは後北条氏時代の焼失から、94年後のことであった。
寛永8年（1631年）に江戸幕府寺社奉行から諸宗本山へ出された命により、清浄光寺から「時宗藤沢遊行寺末寺帳」を提出、幕府から時宗274寺の総本山と認められる。
寛文5年（1665年）敦賀井川の新善光寺から清浄光寺へ本尊が戻る。
清浄光寺は、浅草日輪寺、甲府一蓮寺、山形光明寺、京都法国寺、大浜称名寺の5寺の住職任命権を持ったが、貞享4年（1687年）頃から各諸派の独立を求める動きに、それらが本山と名乗ることを許し、上位の総本山という位置づけとなった。
徳川綱吉の生類憐れみの令では、江戸市中の金魚の保護所となった。
元文2年（1737年）10月15日浅草の日輪寺塔頭宝珠院より現在の本尊:阿弥陀如来坐像を移す。
文化財
国宝
所在する国宝は、以下のとおり。
絹本著色一遍上人絵伝 12巻 - 1952年（昭和27年）3月29日指定。
鎌倉時代の絵巻物。絹本著色で全12巻。別称に「一遍聖絵」。正安元年（1299年）作。の代表作。一遍上人絵伝は時宗の開祖である一遍（一遍智真）が訪れた各地の風景が描写されているもので、清浄光寺は一遍弟の聖戒により編纂され、円伊による筆で一遍没後十年にあたる正安元年に完成している。
一遍の遊行した各地の風景・風俗が実景に基づいて記されており、歴史・風俗資料としても貴重なものである。もと時宗十二派の一つと数えられていた「六条派」の歓喜光寺（京都市山科区）に伝来したもので、歓喜光寺との共同所有を経て、現在は清浄光寺が単独所有（京都国立博物館及び奈良国立博物館に寄託）。
重要文化財（国指定）
所在する重要文化財は、以下のとおり。
絹本著色後醍醐天皇御像（後醍醐天皇の肖像画、文観房弘真開眼）
1900年（明治33年）4月7日指定。
絹本著色一向上人像
1959年（昭和34年）6月27日指定。
時衆過去帳 2帖
1954年（昭和29年）3月20日指定。
六時居讃・安食問答 2帖
同上
後醍醐天皇像
登録有形文化財（国登録）
本堂
惣門
手水舎
鐘楼
回向堂
百間廊下
御番方
小書院
宇賀神社
石垣及び築地塀
交通
鉄道
藤沢駅（東海道線 (JR東日本)・小田急江ノ島線・江ノ島電鉄）
道路
国道467号
所在地 神奈川県藤沢市西富一丁目8番1号
位置 北緯35度20分54.65秒 東経139度29分19.12秒
山号 藤沢山
院号 無量光院
宗旨 時宗
宗派 時宗遊行派
寺格 総本山
本尊 阿弥陀如来
創建年 正中2年（1325年、呑海による開山年）
開山 他阿呑海
開基 俣野五郎景平
中興年 慶長12年（1607年）
中興 天順
正式名 藤沢山 無量光院 清浄光寺
別称 遊行寺、藤沢道場
札所等 東国花の寺百ヶ寺神奈川15番札所
