1953年（昭和28年）、国宝に指定された。また、2007年（平成19年）にユネスコの世界遺産（文化遺産）暫定リストへ掲載が決まり、2018年（平成30年）に登録が決まった「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」を構成する文化財の1つである。2016年（平成28年）に日本初の小バシリカに指定された。
信仰の場であるとともに観光地でもあり、拝観は有料である。大人600円、2018年4月1日からは「キリシタン博物館」開設に伴い1000円となる。
観光客の増加に伴い、1975年（昭和50年）に、天主堂に登る石段横の隣接地にカトリック大浦教会が建てられ、毎日のミサは大浦教会で行われている。
ただ、特定日に限って当教会でミサが行われている。
信徒の発見と大浦天主堂
建立まもない天主堂は「フランス寺」と呼ばれ、美しさと物珍しさから付近の住民たちが多数見物に訪れていた。プティジャン神父には「今でも何処かでカトリック教徒が密かに信仰を伝えているのではないか」という僅かな期待があった。
1865年3月17日（元治2年2月12日）、浦上（長崎市）の住民十数名が天主堂を訪れた。そのうちの40〜50歳くらいの女性がひとり、祈っていたプティジャンに近づき、「私どもは神父様と同じ心であります」（宗旨が同じです）と囁き、自分たちがカトリック教徒であることを告白した （この女性の名は、イザベリナ杉本百合だったと言われている）。彼らは聖母像があること、神父が独身であることから間違いなくカトリックの教会であると確信し、自分たちが迫害に耐えながらカトリックの信仰を代々守り続けてきたいわゆる隠れキリシタンである事実を話し、プティジャン神父を喜ばせた。
その後、プティジャン神父は密かに浦上や五島などに布教を兼ねて訪れ、隠れた信者の発見に努めた。浦上だけでなく長崎周辺の各地で多くのカトリック教徒が秘密裏に信仰を守り続けていたことがわかった。この「信徒発見」のニュースはやがて当時の教皇ピオ9世のもとにもたらされた。教皇は感激して、これを「東洋の奇跡」と呼んだという。この日は現在カトリック教会では任意の記念日（祝日）となっている。
交通
長崎電気軌道5号系統 「大浦天主堂」電停下車 徒歩5分
長崎バス「松ヶ枝国際ターミナル」バス停（2022年10月1日「グラバー園入口」から停留所名称変更[13]）下車 徒歩5分
坂道を上った後、券売所からさらに石段を上ることになる。駐車場はない。
用途 教会
着工 1862年
竣工 1864年
開館開所 1865年2月19日
改築 1875-1879年
所在地 長崎県長崎市南山手町5-3
座標 北緯32度44分3.0秒 東経129度52分12.5秒
文化財 国宝
指定・登録等日 1933年1月23日：旧国宝（現行法の重要文化財に相当）指定
1953年3月31日：国宝（文化財保護法）指定
