専門医の勝手なつぶやき

はっきり結論から言います。
博士号は絶対にとっておいたほうが良いです。
医学博士をとっても臨床上で役に立つことは今のところ少ないと思います。

しかし博士号を取る過程が非常に重要なのです。

まずは医局内のIF（インパクトファクター）がファーストで10点もいかないような指導者についてはいけません。また2点3点程度の論文ばかり書いているような人も指導者として失格です。
しっかりした研究室で勉強してください。お勧めは基礎系の研究室に国内留学、学内留学することです。
しっかりとリサーチカンファレンス、抄読会、輪読会をしているところがよいです。
そしてnonMD（医者じゃない）研究者達の研究に対する姿勢、論文の読み方を学ぶのです。
医者になってから上に言われるがまま論文の読み方をなんとなく習得していても深いところまでは読みきれていないことが多いです。基礎の世界で生きている研究者が厳密に何を考え何を批判しながら論文を読んでいるのかを学ぶことは臨床に戻ってからの自分の財産になると思います。

昔は医学博士はどの大学も乱発していました。そういう時代の博士号持ちが今医局内では上にいます。たいした研究もしていない人間が研究の指導なんかできるはずもないのに年功序列のサガで、こういうのが指導者になってしまうのです。
仲間うちでの評価は無意味です。Pubmedで調べて大した論文も書いていない人間に指導を仰ぐ必要はありませんし時間の無駄です。どの大学にも優秀な研究室はありますしそれを探して自分でアプライするくらいの姿勢があればどの研究室も喜んで迎えてくれると思います。

結局は自分の10年20年後のキャリアを考えた時の今の自分の立ち位置を考えることです。

研究も将来やって生きたいなら、これからはしっかり研究した博士号持ちが優遇される時代が来ると思います。その時に臨床系のクズ雑誌(IF３点以下)ぐらいしか実績にないような医者は笑われておしまいです。

ちなみに臨床で一生懸命患者のために尽くすから研究なんて時間の無駄だと考えている方はそれでいいと思います。
医学博士をとって研究をしたいならばしっかりした研究室で勉強してください。