社名
古来「十社（じっしゃ）大明神」や「十社宮」などと称されて来たが、1871年（明治4年）に「三田井神社」と改称、更に1895年（明治28年）に現社名に改称した。
祭神
主祭神は一之御殿（いちのごてん）の高千穂皇神（たかちほすめがみ）と二之御殿の十社大明神。
高千穂皇神は日本神話の日向三代と称される皇祖神とその配偶神（天津彦火瓊瓊杵尊と木花開耶姫命、彦火火出見尊と豊玉姫命、彦波瀲武鸕鷀草葺不合尊と玉依姫命）の総称で、十社大明神は神武天皇の皇兄、三毛入野命（みけぬのみこと）とその妻子神9柱（三毛入野命の妃神である鵜目姫（うのめひめ）命と、両神の御子神である御子太郎（みこたろう）命、二郎（じろう）命、三郎（さぶろう）命、畝見（うねみ）命、照野（てるの）命、大戸（おおと）命、霊社（れいしゃ）命、浅良部（あさらべ）命）の総称とされる。
十社大明神の中心である三毛入野命は、「記紀」に浪穂を踏んで常世国に渡ったとあるが、当地の伝承では、高千穂に戻り当時一帯を荒らしていた鬼神の鬼八（きはち）を退治、当地に宮を構えたと伝える。また文治5年（1189年）3月吉日の年記を持つ当神社の縁起書『十社旭大明神記』には、神武天皇の皇子「正市伊」が「きはちふし」という鬼を退治し、その後正市伊とその子孫等が十社大明神として祀られたという異伝を載せている。更に、正和2年（1313年）成立の『八幡宇佐宮御託宣集』巻2に、「高知尾（明神）」は神武天皇の御子である神八井耳命の別名で、「阿蘇（大明神）」の兄神であるとの異伝もあり、また、『平家物語』巻8緒環段では、「日向国にあがめられ給へる高知尾の明神」の正体は「大蛇」で豊後緒方氏の祖神であるとしている。
また、鵜目姫命は祖母岳明神の娘神で、鬼八に捕らわれていたところを三毛入野命に助け出され、後にその妃神になったという。
歴史
高千穂は日向三代の宮である高千穂宮が置かれた地と伝えられるが、天孫降臨伝承と在地固有の信仰が融合し、更に熊野修験も加わるなど複雑な信仰を包含する。また、槵觸神社は古来より当神社の春祭りに対して秋祭りを行うなど、当神社と密接な関係を持つものでもあった。
社伝によれば、三毛入野命が神籬を建てて祖神の日向三代とその配偶神を祀ったのに創まり、三毛入野命の子孫が長らく奉仕して、後に三毛入野命他の十社大明神を配祀、垂仁天皇の時代に初めて社殿を創建したと伝える。当神社が国史に見える「高智保神（高智保皇神）」であるとすれば朝廷からの神階授与があったことになるが、『延喜式神名帳』の記載はない。また、天慶年間（938-47年）に豊後国から大神惟基の長子の政次（高知尾太郎政次）が当地に入り高知尾（高千穂）氏を興したが、社伝によると同氏は当神社を高千穂18郷にわたる88社（高千穂八十八社）の総社と位置づけて崇めたといい、以後も当神社に深く関わるようになったと見られている。
社殿
本殿は梁間2間の五間社流造銅板葺で棟に千木・鰹木を置く。安永7年（1778年）に延岡藩主内藤政脩を大檀那として造替された九州南部の代表的な大規模社殿であり、東側の脇障子に彫刻された鬼八を退治する三毛入野命の神像といった当地の伝説や祭礼に関する彫物を施し、西側脇障子の部分には稲荷社を設ける独特の形式などの地方色も顕著に有していることから、国の重要文化財に指定されている。ちなみに天保8年（1837年）に参拝した松浦武四郎は、その紀行文（『西海雑志』）に「本社は東向に瑞籬の中に十社并び建たり」と当時の有様を記している。
本殿（重要文化財、右奥の建物）
文化財
国の重要文化財
本殿 - 江戸時代前期（1778年）の建立。五間社流造、銅板葺、稲荷社を含む。延岡藩主内藤政脩を大檀那として安永７年（1778年）に完成したもので、造営には大分城下鶴崎の大工等が携わった。形式は五間社流造で、通常、脇障子となる縁西面には、稲荷社を設けている。装飾細部は躍動感のある大胆な構図とし、立体的につくられている。高千穂神社本殿は、欅材を用いた丁寧なつくりで装飾細部も充実し、意匠的な完成度も高く、九州地方南部を代表する大規模な本殿建築である。また、縁に小規模な社殿を附属した独特の形式や、当地方の伝説や祭礼に関連した彫物など、地方色も顕著に有しており、高い価値がある。2004年（平成16年）7月6日指定。
鉄造狛犬1対 - 伝・源頼朝奉納の鋳鉄製の狛犬。像高およそ55cmで、一般に鉄像は銅像に比べて複雑な形の鋳造や細部の仕上げが困難であるとされるが、当品は同時代（鎌倉時代）の木彫のものと比較しても遜色がなく、その鋳造技術は鉄造遺品中出色のものとされ、1971年（昭和46年）6月22日に指定された。
木造神像〈男神坐像1躯・女神坐像1躯〉附:木造神像2躯 - 元々は荒立神社の神像であったが、同神社を合祀した際、一緒に移されたもの。県指定の有形文化財に指定されていたが、2020年（令和2年）9月30日付で国の重要文化財に指定された。
所在地 宮崎県西臼杵郡高千穂町大字三田井字神殿1037
位置 北緯32度42分23.2秒 東経131度18分8.3秒
主祭神 高千穂皇神
十社大明神
社格等 国史見在社論社
旧村社
別表神社
創建 不明
本殿の様式 五間社流造銅板葺
別名 十社大明神
札所等 高千穂八十八社
例祭 4月16日
主な神事 猪掛祭（旧暦12月3日）
笹振り神事（旧暦12月3日）
神話の高千穂夜神楽まつり（11月22-23日）
