開山の寒巌義尹が後鳥羽天皇（順徳天皇とも）の皇子であったため、朝廷との結びつきが深く、紫衣を許可され、曹洞宗の九州本山として寒巌派の拠点となっていたが、度重なる火災で衰退した。
歴史
開山の寒巌義尹（1217 - 1300）は、道元に参禅した曹洞宗の僧で、2度の入宋の後、博多の聖福寺を経て肥後に住した。地元の地頭河尻泰明は寒巌に帰依し、境内地を寄進して、弘安元年（1278年）、大慈寺が創建された。寺は亀山法皇の勅願寺となり、正安2年（1300年）に本堂が完成した。
正平年間（1346年 - 1370年）に焼失し、大雲化縁が再興。その後も中世を通じてたびたび焼失と再興を繰り返した。永正17年（1520年）には戦乱に巻き込まれて焼失。再興するも天文9年（1540年）にも戦乱に巻き込まれて焼失、天文15年（1545年）に再興した。
近世に入っても火災があり、享禄2年（1629年）に再興、明和5年（1768年）にも焼失している。
明治時代初期には廃仏毀釈で荒廃。昭和9年には河川改修工事により、境内地が削られている。昭和期には澤木興道が滞在し、坐禅を指導。昭和60年に再興された。
交通
JR鹿児島本線川尻駅から徒歩25分
桜町バスターミナルより九州産交バス川尻バイパス・大慈禅寺経由南区役所・宇土・松橋方面行きに乗車、大慈禅寺(だいじぜんじ)下車、徒歩5分
所在地 熊本県熊本市南区野田1丁目7-1
位置 北緯32度43分59.8秒 東経130度41分21.6秒
山号 大梁山
宗旨 曹洞宗
本尊 釈迦三尊
別称 大慈禅寺
文化財 梵鐘
寒巌義尹文書
