2015年（平成27年）4月24日、「琵琶湖とその水辺景観− 祈りと暮らしの水遺産 」の構成文化財として日本遺産に認定される。
本尊真言：おん ばだら はんどめい うん
ご詠歌：後の世を願うこころはかろくとも ほとけの誓いおもき石山
多宝塔 （国宝、日本三塔の一つ）
概要
当寺は、琵琶湖の南端近くに位置し、琵琶湖から唯一流れ出る瀬田川の右岸にある。本堂は国の天然記念物の珪灰石（「石山寺硅灰石」）という巨大な岩盤の上に建ち、これが寺名の由来ともなっている（石山寺珪灰石は日本の地質百選に選定）。
『蜻蛉日記』『更級日記』『枕草子』などの文学作品にも登場し、『源氏物語』の作者紫式部は、石山寺参篭の折に物語の着想を得たとする伝承がある。「近江八景」の1つ「石山秋月」でも知られる。紅葉の名所としても知られ、秋にはライトアップが行われており、2015年（平成27年）に日本夜景遺産に認定された。また、洋画家の三谷祐幸によって寄付された関西美術院を所有する。
本堂 （国宝）
歴史
『石山寺縁起絵巻』によれば、聖武天皇の発願により、天平19年（747年）、良弁（東大寺開山・別当）が聖徳太子の念持仏であった如意輪観音をこの地に祀ったのが始まりとされている。聖武天皇は東大寺大仏の造立にあたり、像の表面に鍍金（金メッキ）を施すために大量の黄金を必要としていた。そこで良弁に命じて、黄金が得られるよう、吉野の金峯山に祈らせた。金峯山はその名の通り、「金の山」と信じられていたようである。そうしたところ、良弁の夢に吉野の金剛蔵王（蔵王権現）が現われ、こう告げた。「金峯山の黄金は、（56億7千万年後に）弥勒菩薩がこの世に現われた時に地を黄金で覆うために用いるものである（だから大仏鍍金のために使うことはできない）。近江国志賀郡の湖水の南に観音菩薩の現われたまう土地がある。そこへ行って祈るがよい」。夢のお告げにしたがって石山の地を訪れた良弁は、比良明神（≒白鬚明神）の化身である老人に導かれ、巨大な岩の上に聖徳太子念持仏の6寸の金銅如意輪観音像を安置し、草庵を建てた。そして程なく（実際にはその2年後に）陸奥国から黄金が産出され、元号を天平勝宝と改めた。こうして良弁の修法は霊験あらたかなること立証できたわけであるが、如意輪観音像がどうしたことか岩山から離れなくなってしまった。やむなく、如意輪観音像を覆うように堂を建てたのが石山寺の草創という。そもそも正倉院文書によれば、この石山の地は、東大寺を建立するために近江国の各所から伐採してきた木材を集めておく場所であったのが知れる。この地が東大寺や良弁と強い繋がりがあったのが分かる。
その他資料としては『元亨釈書』[4] や、後代であるが宝永2年（1705年）の白鬚大明神縁起絵巻がある。
その後、天平宝字5年（761年）から造石山寺所という役所のもとで堂宇の拡張、伽藍の整備が行われた。正倉院文書によれば、造東大寺司からも仏師などの職員が派遣されたことが知られ、石山寺の造営は国家的事業として進められていた。これには、淳仁天皇と孝謙上皇が造営した保良宮が石山寺の近くにあったことも関係しているといわれる。本尊の塑造如意輪観音像と脇侍の金剛蔵王像、執金剛神像は、天平宝字5年（761年）から翌年にかけて制作され、本尊の胎内に聖徳太子念持仏の6寸如意輪観音像を納めたという。こうして石山寺は華厳宗の寺院として寺観が整えられていった。
それ以降から平安時代前期にかけての寺史はあまりはっきりしていないが、寺伝によれば、初代の座主（ざす、「住職」とほぼ同義）に聖宝が就いて真言宗の寺院となっている。その後も観賢などの当時高名な僧が座主として入寺している。聖宝と観賢はいずれも醍醐寺関係の僧である。石山寺と醍醐寺は地理的にも近く、この頃から石山寺の密教化が進んだものと思われる。
石山寺の中興の祖といわれるのが、菅原道真の孫の第3世座主・淳祐内供（890年 - 953年）である。内供とは内供奉十禅師（ないくぶじゅうぜんじ）の略称で、天皇の傍にいて常に玉体を加持する僧の称号である。高僧でありながら諸職を固辞していた淳祐は、やがてこの内供と称されるようになった。「石山内供」「普賢院内供」とも呼ばれている。淳祐は体が不自由で、正式の坐法で坐ることができなかったことから学業に精励し、膨大な著述を残している。彼の自筆本は今も石山寺に多数残存し、「匂いの聖教（においのしょうぎょう）」と呼ばれ、一括して国宝に指定されている。このころ、石山詣が宮廷の官女の間で盛んとなり、『蜻蛉日記』や『更級日記』にも描写されている。
承暦2年（1078年）1月2日、落雷によって本堂が半焼し、本尊の塑造如意輪観音像も損壊したため、永長元年（1096年）に本堂（国宝）を再建し、新たな本尊として如意輪観音坐像（重要文化財）を祀る形となった。
東大門、多宝塔は鎌倉時代初期、源頼朝の寄進により建てられたものとされる。この頃にはだいたい現在見るような寺観が整ったと思われる。
戦国時代の元亀4年（1573年）2月に光浄院暹慶が室町幕府第15代将軍足利義昭の味方をして織田信長に背き、石山寺の南にあった石山城に立て籠もったが、すぐに柴田勝家の攻撃を受けて降伏している。この合戦によって石山寺のいくつかの堂舎が被害を受けている。その後、信長によって寺領5,000石が没収されてしまったが、信長の死後、豊臣秀吉によって文禄5年（1596年）にいくつかの寺領が返還されている。
慶長6年（1601年）には徳川家康によって寺領579石が認められている。
慶長年間（1596年 - 1615年）、淀殿によって石山寺の復興が行われ、慶長7年（1602年）には本堂の合の間と礼堂が改築されている。
石山寺は全山炎上するような兵火には遭わなかったため、建造物、仏像、経典、文書などの貴重な文化財を多数伝存している。
石山寺硅灰石 （国の天然記念物）
多宝塔と紅葉
東大門
文化財
木造如意輪観音坐像
当寺の本尊であり、重要文化財に指定されている。本堂奥の巨大な厨子に納められている秘仏である。33年に1度の開扉と天皇即位翌年の開扉以外は原則として公開されず、開扉は勅使により行われるため、石山寺では「日本唯一勅封観音」としている。像高約3メートル。如意輪観音像は6臂像（6本の手をもつ）が多いが、本像は2臂像で、岩盤の上に直接坐している。本堂の再建と同時期の平安時代後期の作と推定される。像内からは奈良時代の金銅仏4体、水晶製五輪塔などが発見され、これらは2003年、本像の附属として重文に追加指定されている。本像は以下の機会に開扉されている。
1991年4月10日から4月30日まで（明仁の第125代天皇即位に伴う即位吉例開扉）
2002年8月1日から12月16日まで（開基1,250年記念）
2009年3月1日から5月31日まで、および9月1日から12月16日まで（花山法皇一千年忌西国札所一斉開扉）
2016年3月18日から12月4日まで（33年ごとの開扉）
2020年3月18日から8月10日まで（徳仁の第126代天皇即位に伴う即位吉例開扉）
国宝
本堂
多宝塔 附：棟札 1枚
漢書 高帝紀下、列伝第四残巻 2巻（紙背金剛界念誦私記）
史記 巻第九十六、九十七残巻 1巻（紙背金剛界次第）
玉篇巻第廿七 後半（紙背如意輪陀羅尼経）
春秋経伝集解 巻第廿六残巻（しゅんじゅうけいでんしっかい）
春秋経伝集解 巻第廿九残巻（紙背金剛界儀軌）
釈摩訶衍論（しゃくまかえんろん）5帖
淳祐内供筆聖教（薫聖教）（しゅんにゅうないくひつしょうぎょう・においのしょうぎょう）73巻1帖（附:聖教目録1巻）
延暦交替式（紙背南天竺般若悉曇十八章）
越中国官倉納穀交替記残巻（紙背伝三昧耶戒私記）
周防国玖珂郡玖珂郷延喜八年戸籍残巻（紙背金剛界入曼荼羅受三昧耶戒行儀）
拝観情報
交通アクセス
京阪石山坂本線「石山寺駅」より徒歩10分
西日本旅客鉄道（JR西日本）琵琶湖線（東海道本線）「石山駅」より京阪バス「石山寺山門前」下車
甲賀市コミュニティバス「京阪石山寺」より徒歩10分
名神瀬田東IC・瀬田西ICより車5分 （駐車場：140台）
開門時間 - 8:00〜16:30
所在地 滋賀県大津市石山寺1丁目1-1
位置 北緯34度57分37.51秒 東経135度54分20.25秒
山号 石光山
宗派 東寺真言宗
寺格 大本山
本尊 如意輪観音
創建年 天平19年（747年）
開山 良弁
開基 聖武天皇（勅願）
正式名 石光山 石山寺
札所等 西国三十三所第13番
近江西国三十三観音霊場第3番
江州三十三観音第1番
びわ湖百八霊場第1番
神仏霊場巡拝の道第146番（滋賀第14番）
文化財 本堂、多宝塔、釈摩訶衍論ほか9件（国宝）
東大門、鐘楼ほか（重要文化財）
珪灰石（国の天然記念物）
