応神天皇を主祭神とし、神功皇后・住吉三神を相殿に祀る。
社名は一般の八幡宮と異なり「旛」の字を用いるが、天文11年（1548年）に後奈良天皇から賜った宸筆の勅額に使用されていたもので、以降これを踏襲している。
歴史
承平5年（935年）、敕願により藤原純友の乱の追討と九州鎮護のために、国府の所在地であった宮崎庄の茶臼山に石清水八幡宮から勧請を受けて創建された。九州の石清水五所別宮の一社である。鎮座のとき、勅使が馬の鞭としていた石清水の藤の枝を地面に刺したところ、芽を吹き枝葉が生えたので、「藤崎」を社名としたという伝承がある。国府八幡宮として国司や朝廷の崇敬を受けた。鎌倉時代以降は歴代領主の崇敬を受け、江戸時代には熊本城の鎮守社とされた。
明治10年（1877年）、西南戦争で社殿を焼失し、現社地に移転して復興した。大正4年（1915年）、国幣小社に列格した。
交通アクセス
バス
藤崎宮前バス停下車、東へ約300m。（産交バス、熊本電鉄バス、熊本都市バス）
桜町バスターミナル・熊本駅方面と熊本大学・竜田口駅・菊池方面を結ぶ路線などが利用できる。
浄行寺バス停下車、南へ約800m。（産交バス、熊本電鉄バス、熊本都市バス）
3ヶ所に分かれている。上記の路線の他、熊本駅や上熊本駅方面を結ぶ路線も利用できる。
※熊本市中心市街地に位置するため、このほかにも他の路線が利用できるバス停がいくつかある。
鉄道
熊本電気鉄道藤崎線 藤崎宮前駅下車、東へ約400m。
熊本市電A系統・B系統 水道町停留場下車、北へ約1km。
自家用車
九州自動車道熊本インターチェンジより7.5㎞
所在地 熊本県熊本市中央区井川淵町
位置 北緯32度48分29.84秒 東経130度43分7.19秒
主祭神 応神天皇
社格等 肥後国三宮
旧国幣小社
別表神社
創建 承平5年（935年）
本殿の様式 流造
例祭 9月第3月曜日を最終日とする5日間（藤崎八旛宮秋季例大祭）
