ブレアは犬の死体を解剖し、ある推測を立てた。 それ("物体Ｘ"と表記する)は、他の生き物を取り込み、取り込み終えたら今度は、その生き物になることができると。 そしてコンピュータがはじき出した結果は、"物体Ｘ"が世の中に出た場合、2万7千時間で人類は完全に同化されるという衝撃的なものだった。
マクレディたちはノルウェー基地から持ち帰った、ビデオをチェックしてみるとそこには、ノルウェーの隊員たちが爆薬を使い、あるものを掘り出している風景が映っていた。 マクレディたちは、その地点へ行ってみることにした。 そこには大きな陥没した穴が開いており、下には大きな物体(宇宙船)が顔を出していた。 ブレアの推測では、地層から見て、10万年以上前に埋まったものだということだった。 そしてすぐ近くに、5メートル四方の何かを掘り出した後のような四角い穴が見つかるのだった。

最初の犠牲者はベニングスだった。 倉庫の片づけをしているところを、ノールウェー基地から持ってきた、異形の死体に同化されてしまった。 窓から逃げたベニングスだったが、すぐにみんなに囲まれた。 みんながそこで見たものは、すでにベニングスではなく、"物体Ｘ"によって同化の途中にあるものだった。 マクレディはガソリンをかけ焼き殺したが、ここからみんな、他人が信じられなくなり、疑心暗鬼に捕らわれていくのだった。 他にも同化されている者がいるのではないかという不安だけが先走り、冷静さを失っていった。
そんな中、マクレディの敗れた服が見つかり、マクレディの同化が疑われたが、マクレディを取り押さえようとしたノリスを、マクレディが突き飛ばしたとき、ノリスが動かなくなった。 急いで蘇生を試みるクーパー先生。 そして電気ショックの2回目のとき、ノリスの腹が口のように開き、クーパー先生は腕を食いちぎられた。 続けざまにノリスの腹から飛び出してきたものは、蜘蛛のような手足に、ノリスの顔がくっついた異形なものだった。 マクレディが火炎放射器で焼き殺したが、ノリスに同化した"物体Ｘ"は、頭だけ切り離し、逃げようとした。 だがパーマーがそれを見つけ、逃がすことなく退治できた。

マクレディはノリスに同化した"物体Ｘ"が、首だけで逃げ出そうとしたことから、"物体Ｘ"は "全身(全て)を生き物に変えることが出来る" とにらみ、あるテストを行うことにした。 それは各自の血液を、熱に晒すというものだった。 同化していれば血液すらも"物体Ｘ"となっているはずだ、と。 順番にテストが行われていき、パーマーの血液になった時にそれは起きた。 熱を近づけたパーマーの血液は、入れ物から飛び出したのだ。 そしてパーマー自身の様子もおかしくなった。 頭が変形していき、二つに割れた。 そして攻撃しようとした、ウィンドウズを頭から噛り付いたのだ。 マクレディが急いで火炎放射を浴びせ、殺すことができたが、ウィンドウズは同化されてしまった。 そしてウィンドウズも同じく焼き殺した。
同化されているか？という疑念を取り除くことが出来たマクレディたちは、最後の1人、ブレアのテストをするため、チャイルズ1人を残して、ブレアを監禁している小屋へ向かった。 しかし、小屋にはブレアの姿はなかった。 調べると床板が外れて、地下に空洞が出来ていた。 そこには作りかけの宇宙船のような乗り物があった。 マクレディたちが、その乗り物を破壊しようとしていた時、施設の明かりが消えた。発電機をやられたのだ。

発電機を壊され、半年後の救援まで生きることが出来ないことを悟ったマクレディたちは腹を決めた。 死ぬなら"物体Ｘ"を道ずれにと。 そしてダイナマイトで施設を破壊していく3人。残るは発電室だけだった。 3人はダイナマイトをセットし始めたが、ギャリーの前に突如、ブレアが現れた。 ブレアは同化されていたのだ。 ギャリーを取り込み、続いてノールスが取り込まれた。 残りはマクレディだけだった。 そして"物体Ｘ"は最後のマクレディにも襲い掛かった。 マクレディは触手で叩き飛ばされながらも、ダイナマイトに点火し"物体Ｘ"を吹っ飛ばすことに成功した。
しかし施設は焼け、生きる望みはなかった。 マクレディが腰を下ろしたところ、チャイルズが現れ、2人はただ死を待つだけだと、静かに語るのだった････