主な影響は次の通りです。まず、考古学界への信頼が大きく損なわれました。研究者たちは新たな発見に対して慎重な姿勢を取るようになり、研究の透明性と倫理が重視されるようになりました。また、この事件を契機に、日本の考古学研究では発掘調査の記録や複数の研究者によるチェックなど、厳格な研究方法が導入されました。研究費の獲得も困難になり、資金提供には厳しい審査が行われるようになりました。
さらに、この事件は学界内部でも厳しい批判を招き、議論の活性化と研究体制の見直しを促しました。この結果、旧石器研究に限らず、新たな研究テーマや手法が開発され、考古学研究が多様化しました。また、日本の考古学者は国際的な学会や研究プロジェクトに積極的に参加し、世界の考古学研究の発展に貢献するようになりました。
旧石器捏造事件は、日本の考古学研究にとって大きな試練でしたが、同時に学問としての考古学をより成熟させるための転機となりました。この事件を教訓に、日本の考古学研究はより厳格で透明性の高い研究へと進化しました。