【sqlite3】create table asってそういう仕様だったんですね・・・

SQLite3でテーブルをコピーする方法の一つ、create table as構文にはちょっとした罠があります。
「create table 新しいテーブル名 as select * from 元となるテーブル名」

これで「元となるテーブル」と同じスキーマーの「新しいテーブル」が作成され、さらにデータもコピーできると思い込んでいました。

主キーが設定されたテーブルのcreate table asで作成された「新しいテーブル」には、primary keyが存在しませんでした。

SQLite3ではprimary keyはcreate tableのみ設定することができます。ALTER TABLE構文では対応していません

同一データベースファイル中であれば、ALTER TABLEで名前を変えるのが一番手っ取り早いです。

attach databaseで別のデータベースファイルにあるテーブルのコピー手段として、create table asを使っていました。

この場合の対策案は、2つあります。

１主キーのあるテーブルは、create table asでコピーしない。
create table 新しいテーブル( pk primary key ... )
insert into 新しいテーブル select * from 元となるテーブル

テーブルのスキーマーは、以下SQLで取得できます。
SELECT sql FROM SQLITE_MASTER WHERE name='元となるテーブル'
２ dumpを使って経由する
sqlite3 元.sqlite3 .dump 元となるテーブル | sqlite3 運用.sqlite3
→ 元となるテーブルが正しくコピーされます。
sqlite3 運用.sqlite3 "alter table 元となるテーブル rename to 新しいテーブル"

運用.sqlite3に「元となるテーブル」名と同名がある場合は、上記を応用し、一時的なsqlite3データベースを作成して、経由することで別名を実現可能です。