ぱぱーんの日記

Aruduino IDE（開発環境）を使用してもISPにてブートローダを書き込めるとのことですが、Aruduino（ハードウエア）をライターとして用意し、ライターソフトも書き込む必要があります。

avrdude（開発環境）は、ターゲット（例えばUncompatino）のATmega328Pに直接ヒューズビットやブートローダを書き込めるとのことです。これは、USB-シリアル変換ICのFT232RLのCTS、DSR、DCD、RIの４つの制御線を以下のようにATmega328Pに接続することによって、ヒューズビットとブートローダを書き込めるようになっているとのことです。
CTS--MISO
DCD--MOSI
DSR--SCK
RI--RESET
+5VとGNDはUSB経由でPCから供給されることが前提。

参考にしたサイトです。
http://engawa.kakaku.com/userbbs/1681/Page=2/SortType=ThreadID/#1681-6