【ストーリー】
ぼくは、あの年の夏、母の育った古い屋敷で一週間だけ過ごした
そこでぼくは、母の言っていた小人の少女に出会った―
人間に見られてはいけない、それが床下の小人たちの掟だった

とある郊外に荒れた庭のある広大な古い屋敷があった。
その床下で、もうすぐ14歳になる小人の少女・アリエッティは、
父ポッドと母ホミリーと3人でひっそりと静かに暮らしていた。
アリエッティの一家は、屋敷の床上に住むふたりの老婦人、
女主人の貞子とお手伝いのハルに気づかれないように、
少しずつ、石けんやクッキーやお砂糖、電気やガスなど、
自分たちの暮らしに必要なモノを、必要な分だけ借りて来て暮らしていた。
借りぐらしの小人たち。
そんなある夏の日、その屋敷に、病気療養のために12歳の少年・翔がやって来た。
人間に見られてはいけない。見られたからには、引っ越さないといけない。
それが床下の小人たちの掟だったが、アリエッティは翔に姿を見られてしまう。
「おまえは、家族を危険にさらしているんだぞ」アリエッティは、父に反発する。
「人間がみんなそんなに危険だとは思わないわ」
アリエッティは、生来の好奇心と向こう見ずな性格も手伝って、次第に翔に近づいて行く。
アリエッティの家族に大きな事件が迫っていた。
―人間と小人、どちらが滅びゆく種族なのか！？