私は５、６年ぐらい前から、アフィリエイトリンクにはrel="nofollow"のタグを付けています。
このrel="nofollow"を付けると、そのリンクの価値が無効になるわけですが、これは広告主のサイトにリンクジュースを渡したくないという意味で使っているわけではありません。

これを付けないと、広告主のサイトが有料リンクを買ったという意味合いにとられてしまう可能性があるため、あえて付けている次第です。

アフィリエイトリンクが有料リンクに該当するかどうかは不明ですが、いずれにしても、アフィリンクの場合はアンカーテキストが同じような文言ばかりになってしまいますので、rel="nofollow"で無効にしておく必要があると思うのです。

これに加え、複数のサイトを運営している場合、特定の広告主の広告を一度に掲載することは避け、できるだけ時間差をおくようにしています。一度に急激に被リンク数が増えると、検索エンジンペナルティーを受けてしまう可能性もありますので、できるだけ影響のない形で掲載するようにしております。

広告リンクを掲載したあと、自サイトの検索エンジンへの影響を考えることも大切とは思いますが、広告主のサイトへの検索エンジンへの影響も考慮に入れることもやはり大切だと思うのです。

最近、アクセストレードでこのrel="nofollow"のタグがデフォルトで挿入されるようになったようなのですが、他のＡＳＰで rel="nofollow"を差し込むことがタグの改変にあたるかどうかは不明です。

私の場合、何か言われたことはまったくないですが、 rel="nofollow"を入れる際は、できるだけ、ＡＳＰ側に確認をとってから掲載することをおすすめします。