2匹の金のぶた

「記念スタンプ」とは違い、寺社の職員や僧侶、神職などが押印する。単に印を押すだけでなく、その下に墨書で寺社名や参拝日などが書かれ、その墨書も含めて「御朱印」と呼ばれる。

御朱印の起源には諸説あるが、元々は寺社に写経を納めた際の受付印であったとする説が有力である。そのため、御朱印を「納経印」と呼ぶこともある。現在でも納経をしないと御朱印がもらえない寺院が存在するが、多くの寺社では少額の金銭（初穂料・御布施）を納めることで御朱印がもらえるようになっている。金額は、2007年現在、多くの寺社で300円としているが、500円などそれ以上の額が提示されることもある。また、厳島神社など、「お気持ちをお納め下さい」として金額を明示しない場合もある。

通常は、紙を屏風折にして両側に固い表紙をつけた「御朱印帳」に押してもらう。御朱印帳は寺社や文房具店などで販売されている。

御朱印は印に寺社名が入っていることから、寺社で授与されるお札などと同等とされ、粗末に扱うべきではないとされる。実際、御朱印帳を普段は神棚や仏壇に上げているという人も少なくない。スタンプ帳やメモ用紙などへの御朱印を拒絶している寺社もいくつかある。

西国三十三箇所霊場詣や四国八十八箇所霊場詣、他にも寺社何か所か合わせての霊場巡り等の場合には、専用の御朱印帳や用紙、掛軸などが用意されていることもある。四国八十八箇所詣などの霊場巡りでは、巡礼中に着ている白衣（びゃくえ）に御朱印をもらう場合もある。

なお、一般的には浄土真宗の寺院では御朱印を頂くことができない。