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長期での海外勤務時には日本の税金はどうなるのでしょうか？

まず、居住者か非居住者かの判断が重要。
1年以上の予定で出国すればその時点で非居住者に。それは長期出張であってもです。出張先、出向先、実際の勤務地のビザの種類は問われません。

次に、非居住者となった場合、実際の勤務地がどこかが重要。
日本人の場合、非日系企業で日本以外の国で働いている場合、おそらく海外現地で給与が支払われているので日本の税金は関係無し。住民税も所得税も無し。
日本人で、日本の会社から長期出張、出向などで海外にて勤務している場合、おそらく日本側からも給与が支払われていると思いますが、実際に勤務している場所が日本国外であれば日本の税金は関係無く、住民税も所得税もかかりません。問題は日本に一時帰国して、日本本社などで数日勤務した場合にどうなるのか。その日数分だけ国内勤務による所得(国内源泉)となり、所得税が20.42％かかります。源泉徴収されます。

ちなみに、給与支払い計算期間中(1か月以内の支払い計算期間の場合、普通月給なので当てはまります)に途中で海外勤務となった場合は、その給与計算期間は全て非居住者の国外源泉とみなしてもらえ、日本で所得税はかかりません。

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