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『カスタムロボ』NINTENDO64、2000年11月10日発売。振動パック対応。前作から1年後の設定。前作との繋がりは濃くは無いものの前作をプレイしたことがある人はより一層楽しめるような内容。物語は主人公が懸賞で当選したレイIIを受け取るところから始まる。
2008年2月19日にWiiのバーチャルコンソールで配信開始された（要1000Wiiポイント）。
本作の特徴
新たにやりこみ要素として、激闘編が追加された。これは今後の全ての作品に受け継がれている。ロボとパーツ、ホロセウム（バトルステージ）の種類が大幅に増え、ロボのタイプにストライクバニッシャー型、バーニングビースト型が追加され違法ロボも登場した。スタイルもパワースタイル、ジャンパースタイルが加わった（ロボの数はシリーズ最多）。ただし、初心者用パーツは削除された。2on2バトルが追加され、同時にでは無いものの、4人までバトルに参加できるようになった。ただし初代にあったアーケードモードは廃止になっている。